Khi quả cà phê chín, người ta bắt đầu thu hái và lựa chọn những quả chín có màu đỏ anh đào. Việc chọn lọc này thường được gọi với cái tên là "operation cherry red" (OCR). Ngoài ra, trong một số trường hợp thì cầy hương châu Á sẽ lựa chọn và ăn những quả cà phê chín sau đó bài tiết ra hạt cà phê. Những hạt cà phê này được gọi là cà phê chồn, chúng khá hiếm và sau khi xử lý, chế biến sẽ mang lại giá trị cực kì cao.

Hai phương pháp chủ yếu được sử dụng để chế biến quả cà phê là chế biến "ướt" và chế biến "khô":

• Cách chế biến "ướt" được thực hiện phổ biến ở Trung Mỹ và các khu vực của Châu Phi. Thịt của quả cà phê chín sẽ được tách ra khỏi hạt và sau đó hạt được lên men, ngâm trong nước khoảng hai ngày. Điều này làm mềm chất nhầy và một dư lượng thịt trái cà phê vẫn còn dính trên hạt. Sau đó chất nhầy này được rửa sạch bằng nước.

• Phương pháp "chế biến khô", rẻ hơn và đơn giản hơn, trước đây được sử dụng cho các loại cà phê chất lượng thấp hơn ở Brazil và phần lớn châu Phi. Hạt cà phê chín được thu hái sau đó trải mỏng và phơi dưới ánh mặt trời trên bê tông, gạch hoặc các giàn phơi trong khoảng từ 2 đến 3 tuần. Trong quá trình phơi, hạt cà phê được đảo đều nhiều lần đến khi khô và được bóc tách vỏ bằng máy chuyên dụng ở bước cuối cùng. Hiện nay, phương pháp này được sử dụng nhiều vì nó cho ra đời hạt cà phê ngọt và thơm hơn.